人間を守るために開発されたレプリロイドが、人間より優れた存在であると人類を襲い始めた。 しかし、開発者の博士は最悪の事態を予測して、最後の切り札として人類を守るため絶え間なく成長を続けるレプリロイド＝ロックマンを残しておいた…。 人間をイレギュラーとみなし人類の抹殺をたくらむ最強の敵シグマにエックス、ゼロは打ち勝つ頃ができるのか！？