謎の組織「破壊党(デストロイヤー)」は日本を近代国家にふさわしい国に作り替えるべく、時代錯誤な文化財や建造物を一年以内に破壊すると宣言。その言葉が本当であることを示すように有名な寺院や神社が次々と爆破されていった。宮城刑務所に収監されていた死刑囚・川辺竜二は、悪党だけをターゲットにした元殺し屋。竜二は死刑を執行された直後に国家秘密保安局によって保護・蘇生され、殺人許可書を持つ秘密エージェント“Ｚ”として生まれ変わる。その使命は「破壊党」の正体を暴き壊滅させることだった。