2019年3月…防衛省自衛隊にて情報セキュリティの世代交代が完了し、すべてのアナログ暗号書が破棄された。そのちょうど一年前、暗号員の神谷樹(かみやいつき)は要人警護を担当する警務隊への異動が決まっていた。彼が警護する人物は、とある一人の少女。一見どこにでもいる普通の女の子だが、彼女は研究により画期的な暗号法を編み出してきた一族の末裔だった。数ある暗号の中でも鉄壁の強度を誇り、最高傑作と呼ばれるのが完全独自の言語を用いた口語(こうご)暗号。その言語は一族間でのみ継承され、彼女はその言語を知る最後の一人…“コードトーカー”だった。一族の者はその性質上、紙の暗号書と同じ扱いとなっていた。その意味は一年後の2019年3月に破棄…つまり命を絶たれるのだ。さらに彼女がもし敵の手に渡りそうになった時には、その場で即破棄しなければならなかった。守ると同時に有事には彼女を破棄することが神谷に課せられた任務だったのだ…―。