数十年前に現れた“魔女”という者たちは、人々に害をなす悪しき存在として“狩り”の対象となっていた。そんな常識に疑問をもつ少年・荒幡勇人は、幼なじみの結野美景が魔女と化してしまうところを偶然目撃してしまう。美景を守ろうと奮闘する勇人。そんな二人の前に魔女の排斥を続ける組織・紅蓮教会の魔女狩り部隊が現れる――！