ごく近未来…「ナノコン」と呼ばれるナノマシンを用いたコンタクトレンズ型の医療デバイスが開発され、既に臨床実験に入っていた… 主人公・峯岸恵太はバイト感覚でその実験に参加し「ナノコン」を使い、奈良崎文という可憐な少女の患者を担当することになる。 …恵太は文に好意を寄せるが、文には隠された秘密があり…そして実験の本当の目的とは！？