それは宇宙の果てからやって来た。人知れず母体に宿り、１９８１年７月７日午前７時、世界各地で寸文の狂いもなく、１万人もの産声となって同時に誕生した。そして１９９９年７の月。１７歳のコトリと彼女に恋するゴジラは、自分たちの正体も知らぬまま、平凡な高校生活を送っていた。そこへ、奇妙な転校生・カリスが現れ、２人は自らの運命を垣間見たかのような戦慄を覚える。彼の額には、コトリの胸とゴジラの拳にあるソレと全く同じ形の、幾何学模様の痣が隠されていた…！