レーサーの本条ケンは、病気の母親のために、10年近く前に行方不明になった父親を探していた。ある日、ケンの父は霧が岳の研究所にいるという謎の電話が。だが、そこで再会した父は、肉体を失い、電子頭脳となってしまっていた…。そうまでして生き続けたのは、人類を滅ぼさんとする怪人と闘う、人間以上の超人・電人Xマンを造り出すためだと言うのだが、完成まで今一歩、肝心の電子頭脳が未完成であった。しかし、人間の脳を使うことも可能だと聞いたケンは、自分の脳を使ってくれと言いだして…!!