江戸時代。謎の怪人・魔神斎を頭領とする忍者集団「血車党」が、日本を征服すべく活動を開始。それは、化身忍者と呼ばれる改造人間を操り、平和になりつつあった世の中を再び戦乱の世に戻すという計画だった。しかし、血車党の化身忍者を次々と倒す者が現れた。――――その名は「嵐」。元・血車党の青年忍者ハヤテが変身した姿。実は、化身忍者を作り出す「化身忍法」は、ハヤテの父・嵐鬼十が編み出した忍術だったのだ……！！